Der Stiftungsrat der Marcel Benoist Stiftung wird von einer renommierten Persönlichkeit aus der wissenschaftlichen Forschung präsidiert, gegenwärtig Nobelpreisträger Didier Queloz. Er umfasst weitere 14 Mitglieder: die zwölf Vertretungen der Universitäten Basel, Bern, Genf, Freiburg, Lausanne, Luzern, Neuenburg, St. Gallen, Zürich und der italienischen Schweiz sowie der beiden Eidgenössischen Technischen Hochschulen Lausanne und Zürich, eine Vertretung des höheren Bundeskaders oder der Wirtschaft sowie den französischen Botschafter oder die französische Botschafterin bzw. dessen oder deren Vertretung.
Die Preisverleihung anlässlich des 75. Jubiläums der Stiftung fand im Nationalratssaal in Bern statt: Bundesrätin Ruth Dreifuss mit den beiden Preisträgern Henri Isliker (links) und Alfred Pletscher (rechts).
Zu den ehemaligen Präsidenten und Präsidentinnen sowie Stiftungsratsmitgliedern gehören unter anderem Bundesrat Guy Parmelin, die Alt-Bundesrätin Ruth Dreifuss, die Alt-Bundesräte Johann N. Schneider-Ammann, Pascal Couchepin und Flavio Cotti, der Benoist Preisträger 1991 und Nobelpreisträger 2002 Prof. Dr. Kurt Wüthrich sowie der Benoist Preisträger 1994 Prof. Dr. Martin Schwab.
Im Jahr 2020 feierte die Stiftung ihr 100-jähriges Bestehen. Sie möchte den Schweizer Wissenschaftspreis mit seiner traditionsreichen Vergangenheit in eine wegweisende Zukunft führen.
Die Statuten der Marcel Benoist Stiftung wurden im Jahr 2022 überarbeitet.