Bei ihrer Gründung im Jahr 1920 erhielt die Marcel Benoist Stiftung ein Wertschriften-Portefeuille sowie eine Sammlung, bestehend aus Kunstgegenständen und Büchern, die zunächst in die Obhut der Stadt Lausanne gegeben wurde.
Die finanziellen Mittel aus dem Wertschriften-Portefeuille betrugen bei Stiftungsgründung 770’000 Franken. Eine positive Entwicklung ermöglichte es der Stiftung, den Preis mit 20’000 Franken zu dotieren. Hinzu kamen im Jahr 1966 weitere 750’000 Franken aus dem Verkauf eben dieser Kunstsammlung an die Stadt Lausanne, wodurch sich das Stiftungskapital auf 1’650’000 Franken erhöhte. Die Preissumme betrug anschliessend rund 35’000 Franken und bewegte sich ab 1974 zwischen 50’000 und 70’000 Franken.
Dank guter Kapitalanlagen konnte der Stiftungsrat 1995 zum 75. Jubiläum der Stiftung auf ein Vermögen von 2’510’000 Franken verweisen. 1996 übergab die Stiftung Silva Casa, Testamentsvollzieherin der Witwe des Galeristen und Sammlers Justin Thannhauser, der Marcel Benoist Stiftung eine Schenkung in Höhe von einer Million Franken, womit das Stiftungsvermögen auf über drei Millionen Franken anwuchs. Aufgrund dieses grosszügigen Geschenkes hob die Stiftung das Preisgeld auf 100’000 Franken an.
Nach Einschnitten im Zuge der Finanzmarktentwicklung in den Jahren 2007/2008 stabilisierte sich das Kapital der Marcel Benoist Stiftung. Im Jahr 2016 konnte die Stiftung auf ein Stiftungsvermögen von rund 1,8 Millionen Franken zurückgreifen. Die Preissumme des Schweizer Wissenschaftspreises Marcel Benoist betrug 50’000 CHF.
Bereits in den Jahren 2014 und 2015 wurde deutlich, dass künftig die jährliche Verleihung des renommierten Schweizer Wissenschaftspreises Marcel Benoist nur gesichert ist, wenn die bald 100-jährige Marcel Benoist Stiftung auf eine nachhaltige Basis gestellt wird. Der Stiftungsrat hat deshalb entschieden, das Stiftungskapital durch Donationen zu erhöhen. Mit dem Eingang signifikanter Beträge von zahlreichen Förderern wurde es möglich, bereits 2017 den Kern der neuen Vision zu initiieren: Der Preis ist neu mit einem Preisgeld von 250’000 CHF dotiert, und erstmals findet die feierliche Preisverleihung zentral in Bern statt.