En 1920, au moment de sa création, la Fondation Marcel Benoist se trouvait détentrice d’un portefeuille d’obligations et d’une collection d’objets d’art et de livres, laquelle a été confiée aux bons soins de la Ville de Lausanne.
La valeur nominale du portefeuille s’élevait alors à 770 000 francs. L’évolution positive de la situation a permis à la Fondation de doter le prix d’une somme de 20 000 francs. La vente de la collection Benoist à la Ville de Lausanne en 1966 permet d’ajouter 750 000 francs, ce qui porte le capital de la Fondation à 1 650 000 francs. La somme attribuée au prix est dès lors passée à 35 000 francs. Depuis 1974, elle oscille entre 50 000 francs et 70 000 francs.
A l’occasion du 75e anniversaire de la Fondation en 1995, le Conseil de fondation a pu porter la fortune à 2 510 000 francs grâce à de bons investissements. En 1996, la Fondation Silva Casa, exécutrice testamentaire de la veuve du galeriste et collectionneur Justin Thannhauser, fit don d’un million de francs à la Fondation Marcel Benoist, portant ainsi la fortune à trois millions de francs. Grâce à ce généreux cadeau, la fondation fut à même d’attribuer un prix de 100 000 francs.
Après des restrictions dues à l’évolution des marchés financiers dans les années 2007/2008, le capital de la Fondation Marcel Benoist s’est stabilisé. En 2016, la fondation disposait d’une fortune d’environ 1,8 million de francs. Le Prix scientifique suisse Marcel Benoist était doté de 50 000 francs.
La nécessité de conférer à la Fondation Marcel Benoist, qui fêtera bientôt ses 100 ans, une base pérenne pour garantir la remise annuelle de ce prix prestigieux était déjà une évidence en 2014 et 2015. Le Conseil de fondation a donc décidé de faire appel à des donateurs pour augmenter le capital de la fondation. Les montants significatifs offerts par de nombreux donateurs ont permis de réaliser, en 2017 déjà, deux changements qui sont au cœur de la nouvelle vision, à savoir l’augmentation de la dotation du prix à 250 000 francs et l’organisation de la cérémonie de remise de prix pour la première fois au cœur de Berne.