Il Consiglio di fondazione è presieduto da una personalità di spicco del mondo della ricerca scientifica, ovvero dall’attuale premio Nobel Didier Queloz. Il consiglio conta altri 14 membri: i 12 rappresentanti delle università di Basilea, Berna, Friburgo, Ginevra, Losanna, Lucerna, Neuchâtel, San Gallo, Zurigo e della Svizzera italiana, nonché dei politecnici federali di Losanna e Zurigo, uun alto funzionario della Confederazione o un esponente del mondo economico e l’ambasciatore francese o il suo rappresentante.
La cerimonia di premiazione in occasione del 75° anniversario della fondazione ha avuto luogo nella sala del Consiglio nazionale a Berna: la consigliera federale Ruth Dreifuss con i due vincitori Henri Isliker (a sinistra) e Alfred Pletscher (a destra).
Tra gli ex presidenti e membri del Consiglio di fondazione figurano il consigliere federale Guy Parmelin, gli ex consiglieri federali Johann N. Schneider-Ammann, Ruth Dreifuss, Pascal Couchepin e Flavio Cotti, il vincitore del premio Marcel Benoist 1991 e del premio Nobel 2002 Kurt Wüthrich, nonché il vincitore del premio Marcel Benoist 1994 Martin Schwab.
Nel 2020 sono ricorsi i 100 anni della fondazione, che vanta un passato ricco di tradizione ed è proiettata verso un futuro ricco di scoperte.
Lo statuto della Fondazione Marcel Benoist è stato rivisto nel 2022.